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ESBL生产流行病学大肠杆菌在长期护理机构中,重复流行研究超过11年

摘要

背景

大肠杆菌序列类型(ST) 131 H30是一种新兴的多药耐药亚克隆,已知会在长期护理设施(LTCFs)中传播并导致暴发。

目标和方法

从2010年到2020年,我们进行了11年度监测研究,以确定ESBL制造的消化运输普遍存在大肠杆菌(ESBL-EC)。对选定的分离株进行了测序和基因分型,以描述ESBL-EC亚克隆流行和流行潜力的时间趋势,并评估在2019年1月停止对ESBL-EC携带者采取接触预防措施后的潜在反弹效应。

结果

本研究共纳入2’403名LTCF居民,其中252人(10.5%)ESBL-EC阳性。在236株可分型的ESBL-EC菌株中,58.0%属于ST131系,其中94/137株(68.6%)为ST131 H30株。ESBL-EC的年患病率呈上升趋势(从4.6增至9.4%;P.= 0.11),而ST131 H30亚克隆则不存在,该亚克隆在2015年达到峰值,随后下降。在LTCF中发生了多次以前未被注意到的ESBL-EC暴发。自2018年以来,我们注意到一个罕见的ST131 H89亚克隆(O16:H5)的克隆扩增,该亚克隆含有CTX-M-14和CTX-M-24。自2019年以来,在ESBL-EC携带者停止接触预防措施后,在ESBL-EC流行率和不同亚克隆中未观察到反弹效应。

结论

观察到ST131 H30 ESBL-EC的克隆波动,目前患病率下降。监测应包括ST131非h30亚克隆的进化,它可能在ltcf中传播。我们的研究结果表明,对LTCFs中ESBL-EC携带者停止接触预防措施可能是安全的,以支持欧洲的建议,在流行环境中限制产生esbl的肠杆菌科控制措施为非大肠杆菌

介绍

广谱-内酰胺酶生产的全球传播大肠杆菌(ESBL-EC)是由成功克隆的出现所驱动的,例如大肠杆菌ST131,特别可在长期护理设施内传播[12].例如,在1996年至2014年期间,在法国LTCFS中介绍了ESBL-EC的增加,反映了克隆扩散,ST131克隆的患病率18.1%[3.4.].在瑞士的养老院,ESBL-EC的比例从2007年的5%增加到2017年的22% [5.].

越来越普遍大肠杆菌ltcf中的ST131主要是由ESBL-EC新出现的多耐药分支的克隆扩增所解释的[6.],负责在长期照护中心内的居民之间形成安静的群体[7.],包括氟喹诺酮耐药支C1 (C1/H30-R)和C2 (C2/H30-Rx) [8.].这一明显成功背后的原因仍然存在争议,但最近的基因组和蛋白质组学研究表明,改进的厌氧代谢,以及其他人类定殖和毒性因素,帮助这个克隆击败了肠道共生生态位[9.1011],连续延长殖民化[12].这一谱系特别促进了CTX-M的社区传播,通过维持分枝受限的多药耐药质粒[13].一项大型临床试验的嵌套队列研究最近观察到C1/H30-R ESBL-EC在参与欧洲LTCFs中的优势[14].在该研究中,日内瓦所有ESBL-EC ST131携带者中有49%(16/33)的C1/H30-R呈阳性,而瑞士以外的3个其他中心中这一比例为20-39%。

考虑到与第三代头孢菌素耐药相关的额外死亡率和住院时间大肠杆菌[1516],这些ESBL-EC分支的流行潜力在LTCFs中是一项感染控制挑战,特别是在对ESBL-EC携带者没有接触预防措施的机构中[17].实际上,鉴于最近关于低医院ESBL-EC传播率和流行社区传播的研究,世界各地许多ltcf已经停止了对ESBL-EC携带者的接触预防措施[17].

在我校附属LTCF中,作为常规监测策略,在2010 - 2020年进行每年一次的流行病学调查,监测ESBL-PE的流行病学情况。在本研究中,我们试图(i)描述LTCF居民中ESBL-EC亚克隆流行的时间趋势;(ii)结合流行病学信息和测序方法,估计紧急ESBL-EC亚克隆的流行潜力;(iii)确定这些亚克隆携带者在解除接触预防措施后的潜在反弹效应。

方法

设计和设置

本11年的回顾性研究由2010年至2020年的年度流行调查组成,每年1月至2月在所有LCTF居民中进行。包括来自同一地理位置的八个长期护理病房,代表216张床。从2018年开始,我们从第二站点添加了四个长期护理病房,代表了73张床。

结果

主要结果包括多年来ESBL-EC携带的总体患病率和不同亚克隆的丰度,定义为每100名筛查居民中阳性病例的总数。次要结果包括任何ESBL-PE的总体发病率,集群的数量(即至少两个居民共享一个ST131 H30, ST131 non-H30,同年和non-ST131菌株在同一病房),积累的患病率在病房担心这些集群,和无性生殖相关菌株的比例在这些集群。克隆亲缘关系是基于基因组定义的,使用的阈值为≤10个SNP差异的成对距离,如其他地方所示[18].

感染控制措施

除了标准预防措施外,直到2018年12月,所有已确认的ESBL-PE携带者都被置于接触预防措施之下,包括手套、疏水外套,并在可能的情况下将其隔离在单人床房间中。自2019年1月起,ESBL-EC放弃了接触预防措施,同时通过感染控制护士的常规观察和反馈加强标准预防措施,特别是手部卫生。

与健康有关的数据

在调查期间,每个参与者都预先收集流行病学信息,包括病房位置,录取日,抽样日期,以前的正面文化,年龄和性别。从2014年从2014年到2020年,我们在LTCFS中收集了LTCFS的Heathcare Workers的卫生侵权,以及1月至2020年的有关病房的所有居民的入住时间。

微生物方法

为所有参与者收集直肠拭子(E-SWAB,CopAn)或粪便培养物,并使用选择性发色琼脂(ChromId Esbl;Biomérieux)加工。通过基质辅助激光解吸电离 - 飞行时间(MALDI-TOF)质谱(Bruker Daltonics,Bremen,Germany)和每个分离物的抗生素敏感性谱来鉴定符合制造商规范中提供的预期发料特征的所有殖民地由磁盘扩散方法使用果树断点和建议确定[19].采用双盘协同试验(DDST20和DDST30)确认ESBL,确保ESBL- pe检测具有较高的敏感性和特异性[20.].当DDST20和头孢西丁试验结果不确定时,也使用ESBL + AmpC筛查试剂盒98008 (Rosco diagnostics,丹麦)进行评估,以确定部分去抑制的AmpC。

分子类型

对所有新检测到的ESBL-EC进行等位基因辨别QPCR测定以确定ST131谱系和H30亚型。对于已知的载体,如果在先前的12个月内被隔离,我们只保留了第一个ESBL-EC应变。选择用于MLST的2个基因的特异性位置的五种单核苷酸多态性测定并验证来自高度多样化的遗传背景的> 90测序菌株的集合,如前所述[21].通过编码点突变从硅PCR中存在的第6个测定法产生6分测定法FimH序列。该等位基因识别TaqMan™系统已在我院2015年从血液感染中分离的约100株临床菌株上进行验证(未发表)。然后根据氟喹诺酮耐药(C1/H30- r)和其他存在的亚枝ST131 H30定义基因CTX-M-15 (C2 / H30-Rx)。

测序和组装

用于测序的候选菌株包括自2010自簇中观察到的ST131 H30菌株(至少来自同一病房的至少4例),并且自2018年以来的所有簇(至少有2个正病房配对)。此外,对2018年开始的所有非ST131和ST131非H30分离物被测序。仅考虑每位患者的第一种分离物和每块板的一个Mor型晶型,用于键入和测序。使用100个碱基对(BP)配对端读取和条形码策略根据Nextera XT Kit(Illumina),使用Illumina Hiseq2500器件测序所选分离株的纯化的基因组DNA(DNEASY,QIAGEN)。使用FASTQC计划评估读取质量(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)和过滤使用FastqMcf程序(Ea-utils;http://code.google.com/p/ea-utils).用Spades汇编程序v 3.12.0进行基因组组装。组装的基因组分别提交给基因组流行病学中心(https://cge.cbs.dtu.dk/),使用FimTyper 1.0和sertypefinder 2.0确认血清型。

核心基因组多位点序列分型靶基因

任务模板”大肠杆菌CGMLST v1.0“用于使用默认设置的RIDOM SEQSPHERE +软件版本5(RIDOM GmbH,Germany)的多基因座序列键入(CGMLST)方案。最终的CGMLST方案由2'513基因组成,涵盖大约45%的基因组序列的基因大肠杆菌.从每个分离物中,根据cgMLST方案分析每个基因的完整序列,并将一个数字等位基因型分配到该位点。因此,将每个菌株所有cgMLST位点的等位基因进行组合,确定等位基因谱。通过对等位基因的邻居连接方法推断最小生成树(MST)。剩下的基因进行了两两比较。

统计方法

用χ2测试,或者双尾Fisher精确测试。流行率曲线是根据统计比较的表面拐点进行分割的,如别处定义的[22].对这些部分的线性趋势进行卡方检验,以评估流行率随时间的变化[23].遗传多样性是用ST数除以测序菌株数来估计的。所有分析均使用R.4.0进行,包括软件包“lme4”。

结果

2010年1月至2020年2月,ESBL-PE运输11年度横断面调查包括2'403 LTCF居民,中位年龄为83岁(IQR 75-89),61.4%。2016年至2020年,每年手工卫生申请从72增加到77%(附加档案1:图S1)。2010 - 2020年1、2月住院患者中位住院时间由138.0天(IQR 60.9 ~ 321.0)下降至33.8天(IQR 18.0 ~ 74.4.0)。任何ESBL-PE携带的总患病率为13.3% (n = 319), 10年期间从7.1%翻倍至13.8% (P.= 0.04)。在ESBL-PE阳性的患者中,79.0% (n = 252)和18.8% (n = 60)分别有大肠杆菌肺炎克雷伯菌.在研究期间,ESBL-EC患病率从4.6%上升至9.4% (P.= 0.11),峰值在2018年达到14.2%(图3)1).我们观察到,从2010年到2020年,ESBL-EC的流行(先前已知)病例从11.1%增加到43.0%,事件(新确认)病例比例稳定。值得注意的是,这一增长部分是由2012年、2013年、2018年和2019年多病房的医院群集推动的(图4)。2).

图1
图1

ESBL-producing患病率大肠杆菌在2019年1月解除接触预防措施之前和之后,并在之前已知的和新发现的携带者之间进行分层

图2
图2.

esbl产生的年患病率和聚集性大肠杆菌在大学附属长期护理设施,日内瓦(2010年至2020年)中的12个病房内的运营商。从2018年开始,从单独的设施中添加了4条长期护理病房

总体而言,58.0%(137/236)的类型的ESBL-EC分离株属于ST131谱系,对于ST131 H30,68.6%(94/137)阳性。该子旋网的患病率至2015年至2015年稳定(图。3.a),随后从2015年到2020年的下行边坡偏转(76.5%至33.3%,P.< 0.003)。在2019年1月取消对ESBL-EC携带者的接触预防措施后,ESBL-EC和ESBL-EC ST131 H30均未记录到反弹效应。相比之下,我们观察到2016 - 2020年ST131非h30亚型的增加(P.= 0.016),在2018年达到峰值(图。3.在236株ESBL-EC中,共对82株(34.7%)进行了测序,包括2010-2017年大型医院聚集性病株11株ST131 H30株,2018 - 2020年聚集性病株10株ST131 H30株,以及2018年以来分离的24株ST131非H30株和37株非ST131株(其他文件)1:表S1)。在ST131 H30分离物中,12个属于C2 / H30-RX(57.1%)和8至C1 / H30-R(38.1%;图。3.B).值得注意的是,虽然大部分C2/H30-Rx株(58.3%)是在2015年检测到的,但C1/H30-R株仅在2017年以后检测到。在ST131非h30中,我们观察到22株(91.7%)属于ST131 H89菌株(O16:H5),与CTX-M-14和CTX-M-24同时存在。在37株非st131菌株中,鉴定出31种不同的序列类型,排除了可能的单克隆传播。在ST131 H30中,CTXM-15(72.2%)、OXA-1(55.6%)和CTXM-27(22.2%)是最常见的抗性基因。在ST131非H30基因中,CTXM-14(91.7%)、CTXM-24(91.7%)和TEM-1B(75.0%)是最常见的抗性基因。在非st131基因中,CTXM-15(43.2%)、TEM-1B(32.4%)、OXA-1(13.5%)和CTXM-14(13.5%)是最常见的抗性基因。

图3
图3.

不同类型esbls产生亚克隆的患病率大肠杆菌(ESBL-EC),以及2010 - 2020年大学附属长期护理机构居民的ESBL-EC序列中确定的进化支数量。一种类型的ESBL-EC的子轮。三个子句指示分段或连续时段的线性趋势测试。每年的分离液数量显示在X轴下。B.自2015年起序列为ESBL-EC ST131的亚克隆和分支

当考虑到2010年至2020年的流行病学信息时,我们观察到27例患者阳性的患者的患者阳性群体。几乎所有(20/21)ESBL-EC ST131 H30可用于测序的菌株是基因型相关的(图。4.).2015年,C2/H30-Rx菌株占主导地位,而C1/H30-R菌株出现在最近的聚类中。这21株中有16株(76%)是2015年至2020年期间从2个病房(F和H单元)分离出来的。24株ST131非h30菌株中有20株(83%)基因相关,鉴定为ST131 H89,血清型为O16:H5,表达相同的CTX-M-14和CTX-M-24基因。我们在3个病房(G、H、I病房)观察到5组ST131 H89阳性患者,发病率为12%(139例易感患者中17例,图2)。3.).最后,经测序的非st131菌株中只有18%(5/27)与基因型相关(图5)。4.).

图4
图4.

esbls产生序列的树状图大肠杆菌,提供ESBL基因的流行病学信息和分子数据;PCRH30为多序列PCR结果,分别为非ST131、ST131 H30和ST131非H30

讨论

这11项年度横断面调查的结果支持了5个主要结论:(1)该大学附属LTCF中ESBL-EC患病率随时间增加,主要是由于先前已知的携带者比例增加;(2) 2015年以后,尽管有小范围的局部暴发,但随着时间的推移,ST131 H30亚克隆的流行率逐渐下降;(3) 2018年以来,ST131 H89 (O16:H5)亚克隆在多次沉默暴发的驱动下扩增;(4)我们没有记录新出现的非st131克隆的替换;(5)在停止接触预防措施后,ESBL-EC或特定亚克隆未观察到反弹效应,尽管需要更长的随访时间来验证这一发现。

LTCFS是用于多人体内ESBL-EC克隆的众所周知的储层,具有特定的患者和护理相关的暴露,促进某些植物的蔓延,包括脆弱和依赖于长度的患者[242526272829]以及公认在实施感染控制措施方面的挑战[2428].许多爆发报告了LTCF中的ESBL-EC ST131的静音传输,特别是属于C2(C2 / H30-RX-CTX-M-15)[126.].已经观察到,在LTCFs中,C2分支通过医院暴发迅速克隆扩增,取代了先前存在的分支大肠杆菌演化支(6.].因此,克隆波动一直是具有临时成功克隆的出现和衰退的公认现象。某些持续存在大肠杆菌偶尔携带碳青霉烯酶基因的克隆需要进一步仔细监测。[30.]

到目前为止,很少有研究报告医院暴发与大肠杆菌ST131 non-H30演化支。4071全球来源的群体基因组学观察到支系C的优势,以稳定的频率在世界范围内共循环[31].2018年,300名居民的单一西班牙LTCF仅观察到与CTX-M-14相关的6个ST131非H30,在55个类型的ESBL-EC分离液中[32].我们的研究发现两者都不是大肠杆菌C2 / H30-RX,NOR C1 / H30-R似乎驱动了我们LTCF中最近改变ESBL-EC的流行病学,而是ST131 H89遍历CTX-M-14和CTX-M-27。该菌株是基于其的子类型FIMH.分型区,常与H41组密切相关大肠杆菌ST131(1 SNP差异)[333435]据我们所知,目前还没有这种ST131 H89病毒的爆发报告大肠杆菌亚克隆,其在人口基因组学中缺乏报告[313536].

这项研究的结果也与目前可用的证据一致,这些证据支持停止对ESBL-EC携带者的接触预防措施,正如欧洲建议将流行环境中的ESBL-PE控制措施限制为非ESBL-PE大肠杆菌ESBL-PE [17].在停止接触预防措施之前,克隆性暴发就已经发生了,这一决定并没有促成克隆性暴发。最近观察到的集群可能不是由于缺乏严格的接触预防措施,而是LTCF基础设施的直接后果,以及与这一特定环境相关的其他因素[2837].

尽管本研究包含了大量的样本量和长期监测数据,但我们承认存在一些局限性。首先,由于研究设计的原因,我们无法量化传播和获取事件。第二,我们承认在选择大肠杆菌测序。第三,我们发现的普遍性受到单中心方法的影响。第四,可能缺乏高度相似的基因组区分大肠杆菌由于使用的测序方法(短读),进化支是不可能的。第五,住院时间的缩短可能通过降低医院获得ESBL-EC的概率和已知携带者的比例而影响ESBL-EC患病率。然而,据观察,ST131与非ST131之间的收购风险与停留时间有关大肠杆菌,在LTCF的6至8个月之间没有区别。[12此外,ESBL-EC患病率在LTCFs和生活在社区的老年人之间似乎相似。[38出于这些原因,降低的住宿时间可能没有显着影响ESBL-EC流行。

结论

ESBL-EC流行病学的变化、新克隆的出现以及LTCF中相关的聚集性,尽管不受停止接触预防措施的影响,但应通过全面的筛查和监测策略进行监测。

数据和材料的可用性

在本研究中使用和/或分析的数据集可从通讯作者在合理要求。

参考文献

  1. 1.

    王志强,王志强,王志强,等。耐多药的纵向基因组监测大肠杆菌在英国的长期护理设施运输。Genome Med。2017; 9(1):70。

    文章谷歌学术搜索

  2. 2.

    Giufrè M, Ricchizzi E, Accogli M, Barbanti F, Monaco M, de Araujo FP,等。意大利长期护理设施中多重耐药微生物的殖民化:一项点流行研究。临床微生物学杂志。2017;23(12):961-7。

    文章谷歌学术搜索

  3. 3.

    Nicolas-Chanoine M-H,Jarlier V等人。长期护理设施中的扩展光谱β-内酰胺酶。临床微生物感染。2008; 14(4):111-6。

    中科院文章谷歌学术搜索

  4. 4.

    肖吉特,肖利,范尼埃,杜维雷,等。广谱β-内酰胺酶生产趋势大肠杆菌在法国某医院进行了15年的131型及其H30亚克隆研究。国际抗微生物药物杂志2016;48(6):744-7。

    中科院文章谷歌学术搜索

  5. 5.

    Kohler P,Fulchini R,Albrich Wc,Egli A,Balmelli C,Harbarth S等人。瑞士护理家园的抗生素抗性:2007年至2017年期间11年期间的国家监测数据分析。抗肿瘤抗抗性控制。2018; 7(1):88。

    文章谷歌学术搜索

  6. 6.

    作者介绍了一种新型纳米材料的制备方法。基因组的监测大肠杆菌ST131识别亚克隆的局部扩展和序列替换。活细胞染色体组。2020;6 (4):e000352。

    公共医学中心谷歌学术搜索

  7. 7.

    Willemsen I, Nelson J, Hendriks Y, Mulders A, Verhoeff S, Mulder P, et al.;广谱β-内酰胺酶生产肠杆菌科在荷兰养老院的广泛传播。传染病流行病学杂志。2015;36(4):394-400。

    文章谷歌学术搜索

  8. 8.

    Price LB, Johnson JR, Aziz M, Clabots C, Johnston B, Tchesnokova V, et al.;广谱-β-内酰胺酶的流行大肠杆菌ST131由单一高致病亚克隆H30-Rx驱动。MBio。2013; 4(6):E00377-13。

    文章谷歌学术搜索

  9. 9.

    等。系统的侵入性纵向调查大肠杆菌在英格兰展示了稳定的人口结构,只有ST131的出现瞬间受到扰乱。Genome Res。2017; 27(8):1437-49。

    中科院文章谷歌学术搜索

  10. 10.

    广谱β-内酰胺酶(ESBL)产生蛋白的特异性氨基酸替换的鉴定大肠杆菌ST131:使用质谱的蛋白质组学方法。Sci众议员2019;9(1):8555。

    文章谷歌学术搜索

  11. 11.

    McNally A, Kallonen T, Connor C, Abudahab K, Aanensen DM, Horner C,等。多药耐药中定植因素的多样性大肠杆菌负频率依赖选择下的谱系进化。MBio。2019; 10 (2): e00644-19。

    文章谷歌学术搜索

  12. 12.

    Overdevest I, Haverkate M, Veenemans J, Hendriks Y, Verhulst C, Mulders A,等。长期的殖民统治,大肠杆菌O25:ST131与其他广谱-内酰胺酶生产大肠杆菌2013年至2014年,在荷兰一所直肠移植水平高的长期护理机构中。Eurosurveillance。2016;21(42):30376。

    文章谷歌学术搜索

  13. 13.

    大流行的meta分析大肠杆菌ST131质粒组证明限制性质粒分枝关联。Sci众议员2020;10(1):36。

    中科院文章谷歌学术搜索

  14. 14.

    Merino I, Hernández-García M, Turrientes M-C, Pérez-Viso B, López-Fresneña N, Diaz-Agero C,等。出现ESBL-producing大肠杆菌ST131-C1-M27欧洲思殖患者。J antimicrob Chemother。2018; 73(11):2973-80。

    中科院文章谷歌学术搜索

  15. 15.

    De Kraker Mea,Davey Pg,Grundmann H,负担研究组。死亡率和医院保持与抗性相关的葡萄球菌葡萄球菌大肠杆菌菌血症:估算欧洲抗生素抗性的负担。Plos med。2011; 8(10):E1001104。

    文章谷歌学术搜索

  16. 16.

    Stewardson J, Allignol A, Beyersmann J, Graves N, Schumacher M, Meyer R, et al.;由抗菌素易感和非易感肠杆菌引起的血流感染的健康和经济负担vwin德赢国际米兰金黄色葡萄球菌在欧洲医院,2010年和2011年:多中心回顾队列队列研究。欧元监视。2016; 21(33):30319。

    文章谷歌学术搜索

  17. 17.

    Tschudin-Sutter S, Lucet J-C, Mutters NT, Tacconelli E, Zahar JR, Harbarth S.接触预防预防医院传播的广谱β内酰胺酶生产大肠杆菌:观点/对位的回顾。临床感染杂志2017;65(2):342-7。

    文章谷歌学术搜索

  18. 18.

    Schürch AC, Arredondo-Alonso S, Willems rll, Goering RV。基于单核苷酸多态性和基于基因的方法的菌株分型和流行病学分析的全基因组测序选项。临床微生物学杂志。2018;24(4):350-4。

    文章谷歌学术搜索

  19. 19.

    欧洲抗菌药物敏感性测试委员会。vwin德赢国际米兰断点表用于解释MICs和区域直径。7.1版。http://www.eucast.org.2017年出版。2021年访问。

  20. 20.

    等。产广谱β -内酰胺酶(ESBL)肠杆菌科显色培养基的评价。临床微生物感染。2010;16(增刊2):S151-2。

    谷歌学术搜索

  21. 21.

    FrançoisP,Bonetti E-J,Fankhauser C,Baud D,Cherkaoui A,Schrenzel J等人。ST131的快速识别大肠杆菌通过一种新的多重实时等位基因辨别测定。J Microbiol方法。2017; 140:12-4。

    文章谷歌学术搜索

  22. 22.

    Johnson JR, Johnston BD, Porter SB, Clabots C, Bender TL, Thuras P,等。迅速出现、下沉,并进行分子检测大肠杆菌序列型1193-FIMH64,一种新的易化的多药抗性的共生和外含量。J Clar Microbiol。2019; 57(5):E01664-18。

    文章谷歌学术搜索

  23. 23.

    Epitools - Test chi-carré pour détecter une tendance。https://epitools.ausvet.com.au/.2018年出版。访问2021年。

  24. 24.

    Dumyati G, Stone ND, Nace DA, Crnich CJ, Jump RLP。养老院中预防耐多药微生物传播的挑战和策略。(4):18。

    文章谷歌学术搜索

  25. 25.

    Han JH,Goldstein EJC,Wise J,Bilker WB,Tolomeo P,Lautenbach E. Carbapenem抗性Klebsiella肺炎的流行病学在长期急性护理医院网络中。临床感染者。2017; 64(7):839-44。

    PubMed谷歌学术搜索

  26. 26.

    王立军,王立军,王立军,等。在熟练护理设施中新获得耐抗生素微生物。临床微生物学杂志。2012;50(5):1698-703。

    文章谷歌学术搜索

  27. 27.

    3月A, Aschbacher R, Dhanji H, Livermore DM, Böttcher A, Sleghel F,等。多耐药细菌在长期护理设施和邻近的急性护理医院老年病房的居民和工作人员的殖民化。临床微生物学杂志。2010;16(7):934-44。

    中科院文章谷歌学术搜索

  28. 28.

    林德华,林德华,林德华,等。瑞典某市疗养院居民中耐抗生素细菌的流行情况:卫生保健人员对基本感染预防原则的了解和遵守情况中华流行病学杂志;2012;44(9):641-9。

    文章谷歌学术搜索

  29. 29.

    王志强,王志强,王志强,等。瑞士内科病人中产生广谱-内酰胺酶肠杆菌的携带。抗微生物抗感染控制。2013;2:20。

    文章谷歌学术搜索

  30. 30。

    王志强,王志强,王志强,等。耐碳青霉烯ST131基因的克隆与鉴定大肠杆菌携带blaOXA-244在德国,2019年到2020年。Eurosurv。2020;25(46):2001815。

    中科院文章谷歌学术搜索

  31. 31.

    Decano AG, Downing T. An大肠杆菌ST131 Pangenome Atlas揭示了4,071个分离株的人口结构和演变。SCI批准。2019; 9(1):17394。

    文章谷歌学术搜索

  32. 32.

    Colmenarejo C, Hernández-García M, Muñoz-Rodríguez JR, Huertas N, Navarro FJ, Mateo AB, et al.;在西班牙的一个长期护理机构中,与产生esbl的粪便携带有关的流行率和风险因素:产生CTX-M-24和ctx - m- 27的出现大肠杆菌ST131-H30R。J antimicrob Chemother。2020; 75(9):2480-4。

    中科院文章谷歌学术搜索

  33. 33.

    Matsumura Y, Pitout JDD, Peirano G, DeVinney R, Noguchi T, Yamamoto M, et al.;快速识别不同大肠杆菌序列类型131演化枝。抗微生物药物化学。2017;61(8):e00179-e217。

    中科院文章谷歌学术搜索

  34. 34.

    王敏,王敏,王敏,等。基于工作组的第三代头孢菌素耐药性监测大肠杆菌来自丹麦的血流感染。J antimicrob Chemother。2017; 72(7):1922-9。

    中科院文章谷歌学术搜索

  35. 35.

    松村等。CTX-M-27和ctx - m -14生产,环丙沙星耐药大肠杆菌在ST131内的H30亚克隆群驱动了日本地区的ESBL流行。中国抗菌化学杂志。2015;70(6):1639-49。

    中科院PubMed谷歌学术搜索

  36. 36.

    陈志强,陈志强,陈志强,等。人口动态趋势大肠杆菌序列类型131,卡尔加里,阿尔伯塔,加拿大,2006 - 2016年。出现感染DIS J. 2020; 26(12):2907。

    中科院文章谷歌学术搜索

  37. 37.

    Terveer EM, Fallon M, Kraakman MEM, Ormond A, Fitzpatrick M, Caljouw MAA等。ESBL-producing传播大肠杆菌在爱尔兰和荷兰的养老院的居民可能反映了基础设施的差异。中华医院感染学杂志。2019;103(2):160-4。

    中科院文章谷歌学术搜索

  38. 38.

    Blom A,Ahl J,Månssonf,resman f,Tham J.在护理家庭环境中产生ESBL生成的肠杆菌痤疮的患病率与家庭老年人相比:横截面比较。BMC感染DIS。2016; 16(1):111。

    文章谷歌学术搜索

下载参考资料

确认

我们感谢细菌学实验室从2010年开始每年为这一重复流行率调查产生的额外工作量,感谢Delphine Perréard在早期研究期间收集数据,感谢基因组研究实验室在该研究的背景下进行的额外测试,以及所有接受感染控制监测的LTCF居民。我们还要感谢Eve-Julie Bonetti,她对所有产esbls进行了PCR分型大肠杆菌包括在本研究中。

之前的演讲

R. MartisChang等。国际预防和感染控制会议。ESBL生产流行病学大肠杆菌在一家长期护理机构进行了11年的反复流行病学研究。2021年,(O05)。

资金

第一作者部分得到瑞士国家科学基金会(Grant Agreement 407240_177454)的支持。

作者信息

从属关系

作者

贡献

RM、PF、SH参与了研究设计和实施。AC、NG、GR为方法学建议做出了贡献。RM, PF, SH领导项目实施和数据收集。MP对数据收集有贡献。更具体地说,在实验室工作中,PF、GR、AC监督结果,NG进行测序、组装和cgMLST。RM, NG贡献了数据分析,并生成了表格和数字。RM, SH主导手稿的撰写。RM, PF, AC, NG, GR, CG, SH参与数据解释,审阅手稿草稿并提供关键输入。所有作者都通过了手稿的最终版本。

相应的作者

对应到罗曼Martischang

道德声明

伦理批准和同意参与

本研究使用的数据是回顾性地从我们的常规监测中收集的,因此根据瑞士的人类研究法律,不需要知情同意。

同意出版物

不适用

利益争夺

两位作者宣称他们没有相互竞争的利益。

附加信息

出版商的注意

官方下载Springer自然仍然是关于发表地图和机构附属机构的司法管辖权索赔中立。

补充信息

额外的文件1。

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权利和权限

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引用这篇文章

马蒂昌,R., François, P., Cherkaoui, A。et al。ESBL生产流行病学大肠杆菌从长期护理设施的重复流行研究超过11年。抗微生物抗感染控制10,148(2021)。https://doi.org/10.1186/s13756-021-01013-7

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关键字

  • 大肠杆菌
  • 分子流行病学
  • 聚合酶链反应
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